祁连山自然保护区地处甘肃、青海两省交界处，东起乌鞘岭的松山，西到当金山口，北临河西走廊，南靠柴达木盆地。祁连山是由一系列平行排列的山岭和谷地组成，一般海拔3000-5000米，主峰海拔5547米。爱高原寒冷气候的影响，祁连山在海拔4200米以上的高山地带，终年积雪，形成的冰川达2859条，总面积1972.5平方公里。冰雪融化成为羊河、黑河、疏勒河三大水系、56条内陆河流的源头。年径流量72.6亿立方米，是河西人民懒以自下而上的命脉，是这里经济文化繁荣的基本保证。
祁连山自然保护区们于武威、张掖两地区和金昌市部分地区，东西长1200多公里，南北宽120公里，总面积2653000公顷。主要保护对象是祁连山水源涵养林、草原植被。区内有高等植物1044种，水源涵养林主要树咱是青海云杉、祁连圆柏，以及零星的山杨和桦木；灌木主要有金露梅、箭叶锦鸡儿、吉拉柳等。林地面积约111000公顷，森林覆盖率较低，但是在整个干旱区域内，却显得异常重要和珍贵。正是由于祁连山森林的存在，才使得冰川融水及降雨蓄存下来，缓慢地补给江河，起了调节径流、削减山洪、保证年径流量相对稳定的作用。对水源林的重要作用，古人早有清楚的认识，把它概括为"雪山千仞，松杉万本，保持水土，涵源吐流"。
